Marataízes partilha sua origem histórica com o município de Itapemirim, cujo povoamento se iniciou em 1539, quando Pedro da Silveira estabeleceu fazenda perto da foz do rio Itapemirim. Em 1700 chegavam da Bahia, Domingos Freitas Bueno Caxangá, Pedro Silveira e outros, que se ocuparam da cultura da cana-de-açúcar, dando continuidade à construção do povoado.
Em 1771, quando os índios Puris atacaram as Minas do Castelo (atual município de Castelo), seus moradores se refugiaram na foz do rio Itapemirim, fundando, naquele local, a Freguesia de Nossa Senhora do Patrocínio, hoje Barra do Itapemirim. Devido às facilidades de transporte e à segurança oferecida pelo ancoradouro interno a pequenas embarcações, a Freguesia progrediu rapidamente. Foi, sem dúvida, o ponto de partida de toda a colonização do Sul do Espírito Santo. O Porto da Barra do Itapemirim era a porta de saída de produtos da terra e a entrada dos primeiros colonizadores. Pela Barra do Itapemirim entraram homens e as máquinas, o progresso, a civilização, a cultura e a arte. Pelo porto entraram os vagões da Estrada de Ferro e saiu toda a produção de açúcar, aguardente e café, que já em 1852 era superior a cem mil arrobas, ou seja, mil e quinhentas toneladas.
Em 1º de agosto de 1887 foi inaugurada a iluminação pública na Barra do Itapemirim, a querosene. Em 1901 o engenheiro Emílio Stein iluminou sua oficina e o Trapiche com energia elétrica gerada por um dínamo movido a vapor. Foi a primeira usina elétrica do Estado.
O velho “Trapiche”, que é um precioso patrimônio arquitetônico da segunda metade do século IXX, construído pelo Barão de Itapemirim entre 1860 e 1883, com a finalidade de armazenar os produtos agrícolas e colaborar com o desenvolvimento das atividades portuárias, dando suporte para a exportação de produtos, traduz um ‘algo mais’ da história da origem de Marataízes. No local também estava instalado o escritório da Coletoria Estadual de Impostos. Com a construção da Estrada de Ferro Leopoldina, e depois estradas de rodagem, o Trapiche foi caindo em desuso, até ser desativado nos anos 50. Hoje só restam as ruínas, tombadas pelo tempo. Outras construções que retratam parte de sua história são as do Palácio das Águias, do século IXX e da Igreja de Nossa Senhora dos Navegantes, do século XVIII.
O município foi criado em 14 de janeiro de 1992, pela Lei Nº. 4.619 e instalado em 10 de janeiro de 1997, desmembrando-se de Itapemirim.
Marataízes é conhecida turisticamente como a “Pérola Sul Capixaba”. Acredita-se que o nome “Marataízes” tem sua origem da língua tupi-guarani, com o significado “água que corre para o mar”, graças à grande quantidade de lagoas que vão de encontro ao mar.
Mas é comum ouvirmos diversas lendas indígenas, como a da índia Ísis que ao morrer provocou uma euforia e tristeza na tribo, fazendo com que os demais índios gritassem a frase “Mataram Ísis” e, ainda, a da índia Taís, que recebera como presente de seu pai, chefe da tribo, a praia que habitava, daí, “Mar Taís”. Outra versão é de que o nome se origina de uma função da linguagem e da religião utilizada pelos negros que aqui habitavam e tinham como dialeto a língua “marata”, das tribos africanas “bantos”, e que veneravam a deusa Ísis, protetora das famílias.